Cela dépend et chaque solution a ses avantages. J’ai d’ailleurs les deux.
J’aime bien le concept du mécanisme automatique, qui réutilise l’énergie du porteur. Certaine masses oscillantes sont très belles (par ex, calibre epsilon de Nomos, calibre royal de Pequignet, Zenith…).
Le calibre manuel permet de limiter l’épaisseur de la montre, mais on trouve aussi des mouvements automatiques fins, y compris en chrono comme l’El Primero. Il peut se justifier pour des raisons historiques (ex Moonwatch).
Finalement, j’aurais tendance à préférer l’automatique, plus pratique, notamment pour les montres que l’on porte régulièrement, mais si un modèle manuel me plait vraiment, je le prendrais aussi. Pour une montre que je porterais rarement, le remontage manuel ne pose alors plus de problème (ex une Nomos Tetra).